IPA案例二:IPA MicroRNA Target Filter—鑒定出生物學上最相關的靶向分子

2015-09-10 14:41:21 來源:源資科技市場部

新聞摘要:microRNA 研究是一個快速發展的領域,它需要依賴各種測試技術以及預測算法來鑒定靶向分子。該領域普遍的一個挑戰就是鑒定最具有生物相關性的靶向分子。IPA新的microRNA Target Filter功能能夠優化通過實驗驗證或者預測得到的靶向分子。


MicroRNA Target Filter

  microRNA 研究是一個快速發展的領域,它需要依賴各種測試技術以及預測算法來鑒定靶向分子。該領域普遍的一個挑戰就是鑒定最具有生物相關性的靶向分子。IPA新的microRNA Target Filter功能能夠優化通過實驗驗證或者預測得到的靶向分子。

 


IPA中microRNA的工作流程
     上傳、分析、優化、過濾、可視化microRNA-mRNA 數據及其之間的關系,這些都可以在一個工具中完成。你可以將microRNA和mRNA數據與其他組學數據或者其他高通量的數據結合,從而獲得全面化的綜合性的生物分析。在microRNA研究中,IPA可以增強您有關亞細胞定位,功能基因家族,藥物,通路,疾病等相關知識。


Highlights
      利用來自TarBase, miRecords中實驗驗證的microRNA-mRNA相互作用,以及來自TargetScan中預測的microRNA-mRNA相互作用,IPA中的microRNA Target Filter功能可以洞察microRNAs的生物學作用。另外,IPA包含了來自同行審查文獻中大量有關microRNA的發現。
      通過檢測microRNA-mRNA配對,探索相關的生物背景,根據相關的生物信息以及表達信息篩選,IPA可以更準確,快捷,便利的鑒定出mRNA靶向分子。利用生物背景的功能是IPA解決目前microRNA數據分析面臨的固有復雜性這一挑戰的關鍵。


利用IPA,您可以輕松的解決以下問題:
      ?哪個microRNA被預測可以靶向某個給定的mRNA?這種預測的質量如何?
      ?根據實驗數據,哪些microRNA具有調控作用,從而支持靶向分子的預測?
?      哪些microRNA參與了某個相關疾病,亞細胞定位或者通路?
      ?特定的mRNAs與microRNAs之間如何相互作用,它們的下游分子是什么?
      ?哪些microRNAs的上調或下調與實驗數據中觀察到的基因表達相關?
      ?microRNA表達的變化對細胞過程,通路,疾病以及表型的可能影響是什么?


Capabilities
MicroRNA content:
      TargetScan content: 利用預測的microRNA–mRNA結合關系(來自TargetScan,并且根據可信度高低進行劃分),鑒定microRNA作用的mRNA靶標。(IPA預測哺乳動物的microRNAs靶標。利用TargetScan算法,尋找和每個microRNA種子區域相匹配的保守的8個核苷酸和7個核苷酸位點對靶標進行預測。)
      ?TarBase content: 利用miRBase標識以及來自TarBase的信息,鑒定實驗中證明的microRNA/mRNA。
      miRecords: 來自~550篇發表的論文,實驗驗證的人源,大鼠,小鼠的microRNA-mRNA的相互作用。
      ?Ingenuity?Knowledge Base: Ingenuity科學家根據發表的文獻,人工對成千上萬microRNA相關的發現進行編譯。

 


  在IPA中,利用Ingenuity Knowledge Base中的microRNA信息,尋找mRNA靶標,疾病狀態,synonyms,調控子,生物標志物,表達等。(上面的例子是Entrez GenemiR-106的Gene View,它是miR-17家族中的一員。MicroRNA IDs來自miRBase,預測的關系來自TargetScan。)


MicroRNA Target Filter
      根據來源、可信度水平、作用或者是否出現在種群,疾病,組織,通路,細胞系,分子中等條件,優化和過濾microRNA-mRNA關系列表。
      利用microRNA Target Filter可以將microRNA數據與網絡以及通路進行匹配,在網絡中添加分子,并且比較來自不同實驗觀察中的分子。您可以很快地看到microRNA是如何影響來自Ingenuity KnowledgeBase中的信號和代謝途徑的,或者您也可以快速地看到,利用IPA搜索和探索功能,您實驗中的基因是如何支持提出的假說的。
      檢測microRNA-mRNA配對,探索mRNAs相關的生物學信息。

 

  沒有其他的工具可以讓您一步就完成鑒定,過濾,優化microRNA-mRNA相互關系。上面,MicroRNA Target Filter已經根據分子類型或者通路優化了microRNA-mRNA相互關系。

 

  一旦關鍵的關系被鑒定到,它們可以導出到通路中使其可視化并且用于后學的探索。在這個案例中,IPA從超過13000個潛在的靶標分子中只鑒定出兩個TOP蛋白-- KIT and MC1R---它們促使了黑色素細胞的發展和色素信號。它們是10個不同的microRNAs的靶標分子,其中5個在轉移性的黑色素瘤中呈現相反的表達模式。

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