【PHOENIX案例】在Phoenix中手工繪制VPC圖

2018-08-09 19:43:15 來源:源資信息科技(上海)有限公司

新聞摘要:通過最近的3篇案例:《VPC視覺預測檢驗圖(1)概念原理》,《VPC視覺預測檢驗圖(2)在Phoenix NLME中繪制VPC圖》,《在Phoenix中手工繪制VPC圖》,我們了解了什么時VPC,如何再Phoenix中繪制VPC,如何手工制作VPC圖,通過這一系列的練習,相比大家對VPC有了清楚的了解,如果大家想了解更多關于群體藥代動力學的信息,可以持續關注源資信息科技官網與公眾號,獲取更多的案例,或者參與近期的培訓班。

概覽:

1.準備數據集

2.使用觀測數據繪制散點圖

3.使用觀測數據繪制PI

4.將觀測數據分段,繪制PI

5.通過模擬得到預測數據集

6.對數據集進行分段

7.使用預測數據集繪制PI


1. 準備數據集

1.1新建Phoenix項目,并導入示例數據,示例演示使用Phoenix NLME自帶的示例數據集

“C:\Program Files(x86)\Certara\Phoenix\application\Examples\NLME\theopp.dat”

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1.2為原始數據集新增計劃采血時間列

因為原始數據集中的Time列是真實采血時間,這里我們添加一列計劃采血時間列(這一步相當于我們對血藥濃度數據進行了分組、分段)

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2. 使用觀測數據繪制散點圖

2.1將數據集“C theopp”數據集發送至XYplot對象,之后將“time”映射至字段“X”,“yobs”映射至字段“Y”,并隱藏散點圖中的線條,然后繪制散點圖。

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2.2結果

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3. 使用觀測數據繪制PI

3.1描述性統計

將數據集“C theopp”發送至描述性統計對象,之后將“yobs”映射至字段“Summary”,將“time”映射至字段“Sort”,并且勾選計算分位數,之后執行操作對象。

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3.2增加圖層

3.2.1將“描述性統計”的結果發送至Stacker對象,將“time”映射至“Carry”字段,將5%、50%、95%字段映射至“Stack”字段,然后執行操作對象。

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3.2.2回到XYplot對象,依次點擊Plot,Graphs,Add按鈕來增加一個圖層。

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3.3導航至XYPlot對象的Setup子選項卡,單擊新添加的圖層的映射表格,之后單擊選擇數據源按鈕,導航至Stacker的結果工作表,建立連接。

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3.4映射字段

3.4.1接著將time映射至字段X,Value映射至字段Y,Parameter映射至字段Group;

3.4.2然后將新添加圖層中數據的標識隱藏,并且不通過顏色區分線條,

3.5最后執行操作對象。

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3.6繪制得到的圖形

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3.7為什么會得到這樣的圖形呢?

因為每個時間點僅對應1~3個數據點,隨機性太大,難以從中獲取到有用的信息,我們使用計劃采血時間點,將數據中的數據進行分組,然后再進行繪制,這將會有很大的改善。


4. 將觀測數據分段,繪制PI

4.1使用觀測數據繪制PI

將數據集C theopp發送至描述性統計對象,之后將yobs映射至Summary字段,將ChangeTime映射至Sort字段,并且勾選計算分位數,之后執行操作對象

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4.2數據整理

將描述性統計的結果發送至Stacker對象,將ChangeTime映射至Carry字段,將5%、50%、95%字段映射至Stack字段,然后執行操作對象。

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4.3增加圖層

4.3.1復制一個XYplot對象,將第二個圖層的數據源指向Stacker對象結果列表。

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4.3.2接著將ChangeTime映射至字段X,Value映射至字段Y,Parameter映射至字段Group;然后將新添加圖層中數據的標識隱藏,并且不通過顏色區分線條,最后執行操作對象。


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4.4繪制出的圖形

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5. 通過模擬得到預測數據集

5.1加載示例文件Theo_Model,然后選中項目文件中的最終模型“Partial Diagonal Model tlag”,5.2復制并粘貼該模型,并將名稱更改為“VPC1”

5.3導航到該對象的“Run Options”選項卡下,將運行模式切換Wie“Sim./Pred/Check”,

#replicates: (重復次數)設定為10,然后執行該對象。


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5.4不要關閉項目,將模擬得到的數據集用于后續步驟。


6. 對數據集進行分段

6.1合并觀測與預測數據

6.1.1運行結束,在“Results”選項卡中導航至“PredCheckAll”報表,將該報表發送至“Join WorkSheets”

6.1.2將“Join WorkSheets”對象的第二個工作表與“C theopp”表格連接

6.1.3字段映射如下

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6.1.4接著來到“Sort Map”表格,勾選使用內置工作表,

6.1.5修改表格內容至如圖所示。

6.1.6執行操作對象

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6.2結果

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6.3對觀測與預測數據進行描述性統計

6.3.1將JointWorkSheets的結果發送至描述性統計對象。

6.3.2將DV映射至Summary,ChangeTime映射至Sort

6.3.3勾選“Include percentiles”,計算分位數

6.3.4執行操作對象

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6.4數據準備

6.4.1將描述性統計的結果發送至Stacker對象,將ChangeTime映射至Carry字段,將5%、50%、95%字段映射至Stack字段,然后執行操作對象


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6.5結果

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7. 使用預測數據集繪制PI

7.1復制之前的XY plot,

7.2在此新添圖層,并使用Stacker對象的結果作為數據源,

7.2.1復制一個XYplot對象,依次點擊Plot,Graphs,Add按鈕來增加一個圖層。

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7.2.2回到Setup子選項卡,點擊新添加的圖層

7.2.3之后點擊選擇數據源按鈕,導航至Stacker的結果工作表,建立連接。


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7.3映射字段

7.3.1接著將ChangeTime映射至字段X,Value映射至字段Y,Parameter映射至字段Group;

7.3.2然后將新添加圖層中數據的標識隱藏,并且不通過顏色區分線條,

7.3.3最后執行操作對象。

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7.4繪制出的圖形

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7.5圖片修飾

將標記符號大小調整為2,邊框和填充顏色都更改為藍色。

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以上就是手工的方式繪制得到VPC圖了,

如果不想要圖中的哪一部分可以將其隱藏,比如將觀測點隱藏掉。


軟件信息

本案例使用的軟件為:Phoenix8.0

所需授權為:PhoenixNLME


通過最近的3篇案例:《VPC視覺預測檢驗圖(1)概念原理》,《VPC視覺預測檢驗圖(2)在Phoenix NLME中繪制VPC圖》,《在Phoenix中手工繪制VPC圖》,我們了解了什么是VPC,如何在Phoenix中繪制VPC,如何手工制作VPC圖,通過這一系列的練習,想必大家對VPC有了清楚的了解,如果大家想了解更多關于群體藥代動力學的信息,可以持續關注源資信息科技官網與公眾號,獲取更多的案例,或者參與近期的培訓班~!


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