TRANSFAC

產品詳情


TRANSFAC數據庫
????? TRANSFAC數據庫是一個全面的真核生物轉錄調控的數據庫,數據能夠追溯到1988年第一例轉錄因子及其結合位點的信息。它整合了其他數據庫的信息,如:TRANSCompel數據庫(組成元件數據庫)和TRANSpro數據庫(全面收集人類和其他8種基因組的啟動子數據庫)。
????? TRANSFAC能夠添加到geneXplain平臺,提供全面的轉錄因子與DNA結合信息,為geneXplain平臺提供先進的序列分析。


真核生物轉錄因子百科全書
????? TRANSFAC數據庫是全面的真核轉錄因子百科全書,通過總結大量科學文獻內容,歸納并記錄了每個轉錄因子的結構屬性和功能屬性。


主要特征
????? 1.68,000多個轉錄因子結合位點報告,其中包括300多個物種的原始文獻詳細信息,主要關注的物種是人類、小鼠、大鼠、酵母和植物。
????? 2.24,5000多個轉錄因子與miRNA報告,提供GO功能、相關的疾病和表達模式信息。
????? 3.30,300,000多個ChIP部分報告,其中包括預測每個轉錄因子的優質結合位點、可下載的序列和基因列表。
????? 4.323,000多個啟動子報告,其中包括基于組蛋白修飾位點的ChIP芯片和ChIP-Seq、轉錄起始位點和單核苷酸多態性。
????? 5.通路查看工具根據實驗得到的轉錄因子與DNA相互作用、轉錄因子與轉錄因子之間的相互作用,建立自定義調控網絡。


結構
????? TRANSFAC數據庫的核心內容是真核轉錄因子和轉錄因子結合位點。結合位點是一個轉錄因子結合位置權重矩陣(positional weight Matrices, PWM),PWM反映每個核苷酸在已知和已比對的TFBS上被發現的頻率,即每個位置的堿偏好性。TRANSFAC數據庫根據轉錄因子的DNA結合域屬性,將轉錄因子分類。

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應用
????? TRANSFAC數據庫常用于預測可能性轉錄因子結合位點,也可以用于訓練用戶自己的模式,發現新算法,或者挖掘轉錄因子信息。


位點和啟動子分析
?????? 使用TRANSFAC數據庫6,500多個位置權重矩陣庫,配合標準版TRANSFAC數據庫自帶的Match工具或選擇geneXplain平臺提供的相應工具,您能夠分析DNA序列的可能性轉錄因子結合位點。


TRANSFAC?數據庫包含了轉錄因子、其基因組結合位點和DNA結合元件(PWM),本次更新包括:

? 基于DAP-seq(DNA親和純化測序)(O’Malley et al.,2016 Cell 165:1280-1292)為擬南芥轉錄因子新增528個新的元件(PWMs)并且根據PBM(蛋白結合微陣列)(Sullivan et al., 2014 Cell Rep. 8:2015-2030)新增46個擬南芥轉錄因子。

? 針對擬南芥cistrome數據庫包括的521個 DAP-seq數據集中的2826587條片段(O’Malley et al.,2016 Cell 165:1280-1292)采用MATCH分析工具分析得到了2682764優質的結合位點。

? ENCODE phase-3項目發布在2016年10月至2017年1月之間獲得的253個新轉錄因子結合位點 ChIP-Seq實驗。數據集由213個不同的轉錄因子結合的4622342個片段組成,其中157個因子還沒有包含到ChIP-Seq數據中。對于其中142個數據集,使用相應的轉錄因子的位置權重矩陣與MATCH工具一起預測得到片段上總共2841686個優質結合位點。預測優質的結合位點以及完整的片段在ChIP實驗報告中以FASTA和BED的格式保存,并且生成一個由客戶指定的與片段距離范圍內的基因列表。

? 所有基因組信息的基因,啟動子,ChIP片段為人類,小鼠,大鼠,猴與擬南芥等物種是以Ensembl 版本87為背景的。

? 整合了2016年11月新發布的人和大鼠的dbSNP數據庫。


整合TRANSFAC公共版:
????? 每位用戶均可使用
????? 位點搜索工具有219概況(矩陣)
????? 實現了搜索功能


DESeq工具:
????? 修正分析漏洞
????? 新增運行DESeq或DESeq2選項


HumanPSDTM:
????? 在新版本中HumanPSDTM數據現在更名為HumanPSDTM數據庫
????? 2017.2更新已可用在genexpain平臺
????? 從github.com / genexplain / genexplain API可用平臺的Java API
????? 可以使用JSON config files配置可執行JAR文件以借助命令行調用平臺處理。

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