IPA 2018年春季更新

2018-04-10 17:33:11 來源:源資科技市場部

新聞摘要:IPA 2018年春季更新


能夠預測代謝通路的活性
      本次更新后,IPA能夠根據上傳的數據值來預測Ingenuity Knowledge Base中收集整理的300多條代謝通路的活性。預測是由上傳數據中分子的上調或下調和代謝通路的關系來預測的。如圖一中,顯示的一個核心分析中的經典通路分析結果,紅色箭頭顯示出代謝通路。圖中,橙紅的的代謝通路代表根據上傳數據得到的通路為激活狀態。圖二為Glutathione -mediated detoxification pathway 代謝途徑活性預測詳圖。

 

圖一:核心分析的經典通路結果頁面展示代謝通路的活性預測。這些代謝通路根據分析用NRF2激活劑CDDO-me處理的小鼠腎臟RNA(vs. DMSO,PMID 26422507)數據推測是激活狀態。


 圖二:Glutathione -mediated detoxification pathway 代謝途徑活性預測詳圖

  可在IPA幫助文件中查看數據核心分析中預測通路活性使用的方法(或聯系我們)。IPA能夠從差異基因表達數據、差異代謝組數據或一個將差異基因表達和差異代謝物濃度整合到一個“Observation”中的數據預測代謝活活性。

  同樣,在Analysis Match(需另行購買)中也能夠在經典通路分析中獲得代謝通路活性評分,如圖三所示。

圖三:Analysis Match中經典通路評分熱圖也包含了代謝通路信息。


Analysis Match更新的數據樣本
     
本次更新在Analysis Match中增加了1100多個數據樣本,使IPA中可用的數據樣本總數大于8000個。這主要包括兩個新的分類,RatDisease(DiseaseLand)和Pediatrics(OncoLand)。表一比較了本版本中的樣本數統計值。

表一:用于IPA的Analysis Match分析的樣本分類及統計更新樣本數。本次更新了1100多個樣本用于分析。

 


新的經典通路
     
本次更新添加了兩個新的信號通路Adrenomedullin signaling和Iron homeostasis signaling pathway,如下:

 

 

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